Handlingen finner sted i 2005 mellom hendelsene i Resident Evil 4 og Resident Evil 5. Vi fokuserer oss på BSAA-medlemmet (Bioterrorism Security Assessment Alliance) Jill Valentine og blir introdusert for hennes nye partner, Parker Luciani. Historien utspiller seg hovedsakelig ombord et antatt forlatt cruiseskip i middelhavet hvor Jill og Parker har blitt sendt for å lete etter Chris Redfield basert på hans seneste koordinater. Men skipet er langt ifra så forlatt som først antatt, her skjuler det seg farer rundt hvert hjørne mens Jill og Parker utforsker de trange gangene til skipet og må stå imot en fryktinngytende ny skrekk som velter ut av mørket.